機關(guān)設(shè)綜合科、基層工作科、社區(qū)矯正和安置幫教科、法律服務(wù)科四個內(nèi)設(shè)機構(gòu)；按照“一鎮(zhèn)（街）一所”的原則，設(shè)置廈門市翔安區(qū)司法局大嶝司法所、廈門市翔安區(qū)司法局新店司法所、廈門市翔安區(qū)司法局馬巷司法所、廈門市翔安區(qū)司法局內(nèi)厝司法所、廈門市翔安區(qū)司法局新圩司法所。各司法所為區(qū)司法局的派出機構(gòu)，實行區(qū)司法局和鎮(zhèn)（街）雙重領(lǐng)導(dǎo)，以區(qū)司法局為主的管理體制，機構(gòu)規(guī)格為正科級。